南海小岛上有个传说，火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，就是世界毁灭的日子。 疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的火焰鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，并在当地庆典活动中被推举扮演传说中的控制者。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏，在取宝藏的过程中，小智目赌神鸟被吉尔露太抓走。 疯狂收藏家吉尔露太为了个人私欲不顾世界的存亡固然令人气愤，可是当神鸟被小智释放后，竟不顾一切的展开疯狂攻击。眼看著世界末日的预言真的要实现…

小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。 就这样，小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途，哪知道不仅遇到了前来捣乱的火箭队，还遭到了闪电鸟的袭击。就在千钧一发之际，吉尔露现身捕捉了闪电鸟，之后又企图捕捉急冻鸟，吉尔露的最终目的，是召唤出传说中的神兽洛奇亚。让吉尔露没有想到的是，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟之前竟然开始了激烈的战斗。

《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。

精灵宝可梦，简称宝可梦。 这个星球上有许多不可思议的不可思议生物。 空中、海中、森林中、街道中，你可以在这个世界的任何地方看到它们。 小智和皮卡丘继续着他们的冒险， 追寻着成为“宝可梦大师”的梦想。 与沿途的野生宝可梦相遇── 以及试图夺取皮卡丘的火箭队── 小智与皮卡丘在这样不变的冒险中过着每一日， 在某个森林中， 他们遇见了受伤的传说宝可梦·拉帝亚斯…！

伴随着宝可梦系列新世代游戏《精灵宝可梦 日月》在世界范围内发售，不之配套的TV动画版也一并迚入全新的时代。本次新系列动画不游戏同名，主角依然是小智和皮卡丘，但是他们不但人设大变，连性格仿佛也变了一个人。由于故事发生南国群岛，环境以夏天和海滩为主，给人格外清爽的感觉，再加上大量全新的宝可梦相继登场，总的来说，本次TV动画给人焕然一新的感觉，不管新旧观众都推荐一看。

日本播放的《宝可梦》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他六部动画，附带小标题的6部动画在设定上根据各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。